PCR實驗室依據所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產物分析等三或四個區域。只是使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區域即可。各區域應完全獨立分隔，不應有任何的空氣直通。
產物分析區或三個區域的最后一個區域（即擴增及產物分析區），空氣流向應由室外向室內，可通過在室內設置通風櫥、排風扇或其他排風系統達到空氣流由室外向室內流動的要求。
PCR實驗室各區域實驗室設備配備通常如下：
1、試劑準備區:
儀器設備主要應有加樣器、冰箱、天平、低速離心機、混勻器、可移動紫外燈等。可使用超凈工作臺作為試劑配制操作臺面。
2、標本制備區
儀器設備主要應有生物安全柜（最好為B2, 可避免提取核酸在柜內反復循環，造成標本間交叉“污染”，出現假陽性結果。此外還應配備加樣器、臺式高速離心機（冷凍及常溫）、臺式低速離心機、恒溫設備（水浴和/或干浴儀）、冰箱、混勻器和可移動紫外燈等。
3、擴增區
主要儀器就是核酸擴增熱循環儀（PCR儀，實時熒光或普通的）。熱循環儀的電源應專用，并配備一個穩壓電源或UPS，以防止由于電壓的波動對擴增測定的影響。此外，根據工作需要，還可配備加樣器、超凈臺等。
4、產物分析區：
本區所使用的儀器設備可能有加樣器、電泳儀（槽）、電轉印儀、雜交爐或雜交箱、水浴箱、DNA測序儀、酶標儀和洗板機等。
在理想情況下，PCR實驗室試劑準備、標本制備、擴增三個區域可設置緩沖間。在緩沖間內，可設置正壓，使室內空氣不流向室外，室外空氣不流向室內。
