潔凈實驗室在位置選擇方面要遵從潔凈等級的設計要求，應選擇大氣含塵濃度較低，自然環境較好的區域和地段，要遠離落葉和空氣異味的場所，(如河邊、食堂周圍、動力區域等)，還要盡量避開振動或噪聲干擾的區域。選擇實驗室周圍的位置、地形、環境時，要與精密設備、精密儀器、儀表等允許環境振動值進行分析權衡。潔凈實驗室的污染源一般主要是大氣中含塵、含菌、塵粒和微生物以及實驗人員的發塵、實驗設備和實驗操作過程中的產塵等。因此建筑圍護結構質量和建筑施工方法對保持和提高潔凈實驗室的標準具有重要意義。