潔凈實驗室有時候是單獨建設，有時候是整體實驗室建設的一部分。在潔凈實驗室這個區域，也可以分為潔凈區、準潔凈區和輔助區三個部分。潔凈實驗室的設計規劃布局包括了平面布局、凈化路線、通風管道線路。
潔凈實驗室平面設計規劃布局按照潔凈區、準潔凈區和輔助區三個區域的位置不同進行劃分規劃，可分為外廊環繞式、內廊式、兩端式、核心式。
外廊環繞式的外廊可以有窗和無窗，兼作參觀和放置一些設備用，有的在外廊內設值班采暖。外窗必須是雙層密封窗。
內廊式：潔凈室設在外圍，而走廊設在內部，這種走廊的潔凈度級別一般都較高，甚至和潔凈室同級。
兩端式：潔凈區設在一邊，另一邊設準潔凈和輔助用房。
核心式：為了節約用地、縮短管線，可以潔凈區為核心，上下左右被各種輔助用房和隱蔽管道的空間包圍起來，這種方式避開室外氣候對潔凈區的影響，減少了冷熱能耗，利于節能。
